https://jsfiddle.net/xrkuoqhq/9/#run

by Lucas Costa

HTML

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<input type="checkbox" name="cias" value="Gol">5 Gol<br>
<input type="checkbox" name="cias" value="tam">4 tam<br>
<input type="checkbox" name="cias" value="Passaredo">3 Passaredo<br>

<div id="resultado"></div>

JavaScript

var json = {
    "aPesquisa": [{
            "dsObservacao": null,
            "trecho": [{
                "sqTrecho": 1,
                "voo": [{
                		"cia": {
                      "nm": "Gol"
                    },
                    "dtPartida": "20170620 11:20",
                    "dtChegada": "20170620 16:40",
                    "hrDuracao" : "03:20",
                    "vooTarifa": {
                      "tarifa": {
                        "vlTotal": 1969.17
                      }
                    }
                }]
            },
            {
                "sqTrecho": 2,
                "voo": [{
                		"cia": {
                      "nm": "tam"
                    },
                    "dtPartida": "20170620 11:20",
                    "dtChegada": "20170620 16:40",
                    "hrDuracao" : "03:25",
                    "vooTarifa": {
                      "tarifa": {
                        "vlTotal": 769.90
                      }
                    }
                },
                {
                		"cia": {
                      "nm": "Passaredo"
                    },
                    "dtPartida": "20170620 11:20",
                    "dtChegada": "20170620 16:40",
                    "hrDuracao" : "03:30",
                    "vooTarifa": {
                      "tarifa": {
                        "vlTotal": 2969.20
                      }
                    }
                }]
            }]
        }
    ]
};

var categoriaList = [];
function filtro(valor, selecionado) {

    json.aPesquisa.forEach(function(item) {

        if (selecionado) {
            item.trecho.forEach(function(trecho) {
                trecho.voo.forEach(function(voo) {
                    if (voo.cia.nm == valor) {
                        categoriaList.push(voo);
                    }
                })
            })
        }
    })

   ...