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$(function(){
	$("#c").click(function(){
		$(this).data("click", true);
	});
});

setTimeout(function(){
	if(!$("#c").data("click")){
		alert("3秒以内にクリックされませんでした");
	}
	else{
		alert("3秒以内にクリックされました");
	}
}, 3000);
<div id="c">click</div>
#c {
	width: 100px;
	padding: 50px;
	background: #FFC;
	text-align: center;
	cursor: pointer;
}