Edit in JSFiddle

$('#left').autoNumeric({ aSign: '%', pSign: 's', vMax: '100.00', wEmpty: 'sign' }).trigger('blur'); 
$('#right').autoNumeric({ aSign: '%', pSign: 's', vMax: '100.00', wEmpty: 'sign' }).trigger('blur'); 



$("#left").change(function(evt) {
    $("#right").autoNumericSet(100 - $(evt.currentTarget).autoNumericGet());
});

$("#right").change(function(evt) {
    $("#left").autoNumericSet(100 - $(evt.currentTarget).autoNumericGet());
});

<input id="left" type="text" value="0" />
<input id="right" type="text" value="0" />