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$("#btn").click(function (){
//var Fecha = new Date();
var Fecha = new Date(2013,3,24);
var Anio = Fecha.getFullYear();  //Obtengo el a;o
var Mes = Fecha.getMonth() + 1;  //Obtengo el mes
  
var CodigoAnterior 			= $("#codigo").val();
var CodigoAnteriorLargo = CodigoAnterior.length;
var AutoNumerico 				= CodigoAnterior.substr(6,CodigoAnteriorLargo);
Mes = 0 +''+Mes;
if (CodigoAnterior.substr(0,4)==Anio){
	if (CodigoAnterior.substr(4,2)==Mes){
  		AutoNumerico++;
  		$("#test").val(Anio + '' + Mes.slice(-2) + '' + AutoNumerico);
   }else{
  	$("#test").val(Anio + '' + Mes.slice(-2) + '' + 1);
  }
}else{
	$("#test").val(Anio + '' + Mes.slice(-2) + '' + 1);
  }	
});

$("#btnPrueba").click(function(){
	var Fecha = '02';
		$("#test").val(Fecha.slice(-2));
});

Código Existente <input type="text" id="codigo" /><br/>
Resultado <input type="text" id="test" /><br/>
<input type="button" id="btn" value="Aprieta" />
<input type="button" id="btnPrueba" value="Prueba" />